Kahve "çekirdekleri" (aslında çekirdek değildirler) doğal olarak kafein içerir. Her ne kadar birçok insanın bir fincan kahveye uzandığında aradığı şey kafein etkisi olsa da, çekirdekler işlenerek uyarıcının büyük bir kısmı uzaklaştırılabilir ve böylece geceleri uykusuz kalmadan içilebilecek bir içecek elde edilebilir.
Çekirdekleri kafeinden arındırmak için kullanılan birkaç farklı yöntem vardır ve bunların hepsi henüz yeşilken yapılır. Kafeinsizleştirme genellikle daha az aromalı kahve ile ilişkilendirilir, çünkü çok sayıda aroma kimyasalından herhangi birini değil, sadece kafeini çıkarmak biraz zordur ve kafeinsiz çekirdeklerin düzgün bir şekilde kavrulması oldukça karmaşıktır.
En yaygın kafeinsizleştirme yöntemleri, genellikle etil asetat veya metilen klorür gibi kimyasal çözücüler içerir. Doğrudan yöntemde, kahve çekirdekleri buharda pişirilir ve ardından kafeini uzaklaştırmak için kimyasal çözücü ile tekrar tekrar durulanır.
Dolaylı yöntemde ise kimyasal madde çekirdeklere asla temas etmez, ancak çekirdeklerin saatlerce ıslatıldığı kafein yüklü suya işlem yapar. Kafein çözücü ile sudan uzaklaştırıldıktan sonra, çekirdek aromalı çözelti çekirdeklere yeniden verilerek yağların ve aromaların çoğunun yeniden emilmesi sağlanır.
Her iki işlemde de çözücüler yeşil çekirdeklerden durulanır veya buharlaştırılır ve kavurma sırasında daha da buharlaşır, yani satın aldığınız kafeinsiz çekirdeklerde yalnızca çok küçük miktarlarda (tüketim için güvenli kabul edilen) bulunur.
İsviçre Su Süreci olarak bilinen bir başka yöntem ise yalnızca su ve karbon filtrasyonuna dayanır. Kahve çekirdekleri önce kafein ve aromalı bileşenlerini çıkarmak için sıcak suya daldırılır.
Daha sonra ilk çekirdekler atılır ve elde edilen lezzet açısından zengin su ("yeşil kahve özü" olarak adlandırılır) yalnızca büyük kafein moleküllerini yakalayacak şekilde boyutlandırılmış bir karbon filtreden geçirilir.
Kafeinsiz yeşil kahve özütü daha sonra bir sonraki çekirdek partisini yıkamak ve filtrelemek için kullanılır. Böylece kafein, kimyasal maddelere başvurulmadan ve çekirdekler lezzetli bileşenlerinin çoğunu kaybetmeden çekirdeklerden filtrelenmiş olur. Bu, organik kahve çekirdeklerini kafeinsizleştirmek için kullanılan birincil yöntemdir.
